В зону ответственности Байкальского филиала ФГБНУ «ВНИРО» входят озёра и реки Бурятии, Иркутской области и Забайкальского края, но в первую очередь, озера Байкал, Гусиное, Еравнинские и Ивано-Арахлейские, а также Братское и Усть-Илимское водохранилища.
Специалисты изучают популяции нерпы, омуля, сига, хариуса, окуня, плотвы, щуки, леща, сазана и других рыб.